В ходе борьбы сами папы, их идеологи и сторонники разработали сложную теорию папского верховенства как в самой церкви, так и в отношениях со светской властью, подкрепив ее соответствующими положениями канонического права. 

Они также создали весьма совершенную организацию централизованного контроля, которая позволяла папам держать в руках церковную администрацию на местах путем поощрения апелляций в Рим от церковных судов, использования налогов на духовенство, назначений на епископские и прочие церковные должности, а также с помощью новых монашеских орденов доминиканцев и францисканцев, которые оставались вне обычной юрисдикции местных епископов. Цена этих нововведений была очень высокой. 

Боровшиеся с Фридрихом II папы – Григорий IX и Иннокентий IV – ради достижения чисто политических целей использовали любое оружие из церковного арсенала: отлучение, интердикт, пропаганду и просто клевету. Даже французский король Людовик IX (1226–1270), чья святость и верность церкви были вне подозрений и который был официально канонизирован еще до истечения века, не одобрял методов Иннокентия IV. 

В Южной Италии папы пожаловали Сицилийское королевство Гогенштауфенов французскому принцу Карлу Анжуйскому. Но в 1282 г. сицилийцы перебили ненавистных французов во время так называемой «Сицилийской вечерни» и предложили свою страну королю Арагона. Все попытки пап и Карла Анжуйского (фактически владевшего теперь только Неаполем) вернуть Сицилию не увенчались успехом. Но если это сравнительно небольшое и подчиненное папству государство смогло оказать активное сопротивление, то еще труднее было предположить, что пойдут на уступки крупные монархии, которые стремились контролировать церковь на своих территориях и у которых постоянное вмешательство пап в их дела вызывало возмущение.

 Если столкновения и нельзя было избежать, то его, как это часто случается, ускорили сильные личности. Французский король Филипп IV (1285–1314) был полон решимости укрепить свою власть в королевстве и расширить его границы.

 В 1296 г., во время войны с Эдуардом I, он обложил налогом французскую церковь – точно таким же образом Эдуард в Англии брал налоги с английской церкви. Папа Бонифаций VIII (1294–1303) отверг право обоих королей на подобные действия и повелел духовенству Франции и Англии выйти из повиновения своим королям. 

Со времен Бекета в Западной Европе не стояла так остро проблема конфликта верности. Кроме того, и организационная модель, и концепция суверенного государства к тому времени были столь четко разработаны, что требования папы выглядели как прямой подрыв идеи государственности. В ответ Филипп запретил вывоз из Франции денег и ценностей. Через несколько месяцев папе пришлось уступить. Французский король нашел гораздо более действенное оружие против папства, чем все армии германских императоров. 

В 1301 г. он инициировал еще одно столкновение, приказав арестовать и судить французского епископа – в нарушение требования папы судить всех епископов только в Риме. Бонифаций реагировал на это весьма гневно, и с обеих сторон сыпались все новые и новые факты, а с французской – даже поддельные документы. 

В ноябре 1302 г. папа выпустил буллу Unam Sanctam, в которой были изложены самые радикальные – из когда-либо сделанных – заявления о папском превосходстве: теория «двух мечей» соединялась здесь с учением об иерархии великой цепи бытия, и все это достигало кульминации в звучных словах: «На этом основании мы заявляем, утверждаем, постановляем и провозглашаем, что непременным условием спасения для всякого создания является подчинение Римскому понтифику». И вновь Филипп ответил практическими действиями. 

Один из его приближенных с горсткой французских солдат, объединившись с римскими врагами Бонифация, внезапно нагрянул в летнюю резиденцию папы в Ананьи, захватил престарелого понтифика и подверг его оскорблениям и унижениям (1303); через несколько недель папа скончался. Преемникам Бонифация не хватило ни смелости, ни средств для продолжения ссоры с Филиппом. Через несколько лет папа Климент V (1305–1314), француз, перебрался в Авиньон на Роне, небольшое папское владение, окруженное французской территорией.

 Здесь папы пребывали в «вавилонском пленении» до 1376 г.; вероятно, они не настолько зависели от французских королей, как это иногда считалось, но в глазах Европы их самостоятельность оказалась под большим сомнением.