Тяга к углубленным и личным формам религиозного опыта стала с XII в. находить выражение в ересях. Ереси возникали в самых разных уголках Европы и принимали самые разнообразные формы. Достаточно часто с ними удавалось справиться, сочетая убеждение и устрашение. 

Но катары (в переводе с греч. – «чистые»; иногда их называли альбигойцами по городу Альби в Южной Франции) оказались неприступны. 

Они исповедовали дуализм «блага» и «зла» как двух независимых начал: материальный мир был для них воплощением зла, а Христос – простым ангелом. Это учение совершенно порывало с традиционными основами христианской веры и авторитетом католической церкви. Катары вели исключительно строгую жизнь, тем не менее привлекательную для многих, так как далеко не все приверженцы секты должны были соблюдать суровые посты и подчиняться брачным запретам. 

Кроме того, катарам покровительствовали многие владетельные особы в Южной Франции и Северной Италии. К началу XIII в. движение катаров приобрело такие угрожающие масштабы, что Иннокентий III решил положить ему конец. 

Однако меры, которые папа представлял себе как новое обращение еретиков, быстро превратились в крестовый поход, соединивший, в силу неудачного стечения обстоятельств, фанатизм масс и личные интересы французской знати и короля.

 Граф Тулузский и другие знатные феодалы юга потеряли свое имущество и земли; несколько городов было разрушено, а их жители перебиты. Хотя ересь катаров как широкое движение перестала существовать, продолжали появляться другие ереси, поскольку сохранялись общественные и психологические условия, способствовавшие их возникновению. Хуже всего было то, что «альбигойский крестовый поход» оставил в наследство религиозный фанатизм и политику разрушения, оправдывавшуюся религиозными мотивами. 

Конечно, в той или иной мере это было свойственно всем крестовым походам, но теперь они переместились в сердце Европы.

 Нельзя не признать, что папство пыталось упорядочить свои отношения с еретиками, даже в цивилизованной форме. Для этого была создана инквизиция – церковный трибунал, в задачу которого входило установить, придерживается ли тот или иной человек еретических взглядов. В качестве инквизиторов особенно часто выступали доминиканцы, которые повсюду разъезжали, выискивая еретиков, а вскоре – еще колдунов и ведьм. Среди инквизиторов было немало людей высоких и гуманных убеждений, искренне стремившихся вернуть «заблудших» в лоно церкви.

 Но инквизиция притягивала и других людей – фанатичных, самодовольных, алчных и честолюбивых; поэтому закрепившаяся за ней дурная слава в большинстве случаев была совершенно заслуженной.