Этот маневр породил в армии и Петербурге слухи о его измене и привел к тому, что на место Апраксина назначили нового главнокомандующего – обрусевшего англичанина Виллима Фермера, генерал-аншефа и графа, успешно командовавшего войсками в войнах со Швецией и с Турцией. Апраксину же предписали отправиться в Нарву и ждать дальнейших распоряжений. Однако их не последовало, а вместо этого в Нарву пожаловал «великий государственный инквизитор» – начальник Тайной канцелярии А. И. Шувалов. 

Нужно иметь в виду, что Апраксин был другом канцлера Бестужева, а Шуваловы – ярыми его врагами. «Великий инквизитор» незамедлительно учинил опальному фельдмаршалу строгий допрос, касающийся главным образом его переписки с Екатериной и Бестужевым. Шувалову хотелось доказать, что Екатерина и Бестужев склоняли Апраксина к измене, чтобы всячески облегчить положение прусского короля. Допросив Апраксина, Шувалов арестовал его и перевез в урочище Четыре Руки, неподалеку от Петербурга. Апраксин отрицал какой-либо злой умысел в своем отступлении за Неман и утверждал, что «молодому двору никаких обещаний не делал и от него никаких замечаний в пользу прусского короля не получал». 

Тем не менее фельдмаршал был обвинен в государственной измене, а всех заподозренных в преступной связи с ним взяли на допросы в Тайную канцелярию. 14 февраля 1758 года был арестован канцлер Бестужев-Рюмин. 

Обвинить его в чем-либо было трудно, ибо он слыл честным человеком и патриотом, и тогда ему инкриминировали «преступление в оскорблении Величества и за то, что он, Бестужев, старался посеять раздор между Ея Императорским Величеством и Их Императорскими Высочествами». Бестужева выслали из Петербурга в одну из его деревень, но в ходе следствия подозрения пали на Екатерину, ювелира Барнарди, Понятовского, бывшего фаворита Елизаветы Петровны, генерал-поручика Никиту Афанасьевича Бекетова, учителя Екатерины Адодурова. Все они были связаны с Екатериной, Бестужевым и английским посланником Уильямсом. Из них всех лишь Екатерина как великая княгиня, да Понятовский как иностранный посланник могли чувствовать себя относительно спокойно. Однако были известны тайная интимная связь Екатерины с Понятовским и особые секретные отношения с канцлером Бестужевым.

 Все это могло расцениваться, как антиправительственный заговор. Дело в том, что Бестужев составил план, по которому, как только Елизавета Петровна скончается, Петр Федорович станет императором по праву, а Екатерина будет объявлена соправительницей. Себе же Бестужев предусмотрел особый статус, облекавший его властью, не меньшей, чем у Меншикова при Екатерине I. Бестужев претендовал на председательство в трех важнейших коллегиях – Иностранной, Военной и Адмиралтейской. Кроме того, он желал иметь звание подполковника во всех четырех лейб-гвардейских полках – Преображенском, Семеновском, Измайловском и Конном. 

Свои соображения Бестужев изложил в виде манифеста на имя Екатерины. К счастью, он успел сжечь манифест и все черновики до ареста, а Екатерина своевременно узнала об этом от одного из своих преданнейших слуг – камердинера Василия Григорьевича Шкурина (запомните имя этого человека, мы еще встретимся с ним в следующей книге – «Золотой век Екатерины Великой» – в обстоятельствах более чем неординарных). Таким образом, прямых улик о заговоре не существовало, однако подозрение осталось. 

Стараниями братьев Шуваловых, Петра и Александра, Елизавета Петровна была уведомлена об альянсе Бестужев – Екатерина. Импульсивная и неуравновешенная императрица решила выказать свое неудовольствие Екатерине и перестала принимать ее, что, в свою очередь, вызвало охлаждение к Екатерине значительной части Большого двора.