В Египте часть населения отказалась присягнуть халифу. Люди ушли в местность под названием Харбета.

Назначенный халифом Али наместник Египта Кайс ибн Саад ибн Убада, видя сложность положения в провинции, не принял по отношению к ним никаких карательных мер. Халиф Али понимал, что существование такой оппозиции может, в конечном итоге, привести к потере контроля над всей провинцией.

Поэтому он приказал Кайсу силой добиться от них повиновения. Однако Кайс счел свою точку зрения более верной и не стал выполнять это распоряжение. Он подал в отставку и приехал к халифу Али в Медину.

 Вместо него Али назначил наместником Египта Мухаммада ибн Абу Бакра. Тот сразу же приступил к исполнению приказа халифа и попытался уничтожить оплот оппозиции в Харбете, однако ему не удалось справиться с этой сложной задачей. Халиф Али отозвал его и назначил на его место аль-Аштара ан-Нахи. Однако по дороге в Египет тот умер от отравления.

Тогда халиф Али вновь назначил на должность наместника провинции Мухаммада ибн Абу Бакра и призвал куфийцев помочь ему навести порядок в Египте, однако сильной армии против повстанцев ему собрать так и не удалось.

 Все эти события закончились тем, что Египет был захвачен наместником Сирии Муавией ибн Абу Суфьяном, который послал туда Амра ибн аль-Аса.

В результате этих событий Мухаммад ибн Абу Бакр погиб.

 Таким образом, в 38 году хиджры Египет вышел из-под контроля халифа Али. Сложная ситуация сложилась и в Куфе. Ее наместник Абу Муса аль-Ашари был миролюбивым человеком и сразу признал власть Али.

Однако в провинции, как и в других областях Халифата, также сформировалась оппозиция халифу Али. Несмотря на настойчивые требования халифа, Абу Муса не стал прибегать к силовым методам в борьбе с оппозицией, и это привело к отставке наместника. Аналогичная ситуация сложилась и в Мекке. Мединцы, которые вернулись в Мекку после хаджа, узнав об убийстве Усмана, решили отправиться в Басру.

К ним присоединились и некоторые мекканцы, в том числе жена Пророка Аиша.