...Это произошло в ночь на 27 января, когда десять японских эсминцев, воспользовавшись тем, что внешний рейд Порт-Артура не был защищен никакими средствами охраны, торпедировали лучшие русские броненосцы «Цесаревич» и «Ретвизан» и крейсер «Паллада». «Ретвизан» не потонул только потому, что сел на мель.
Поврежденные корабли (кроме «Ретвизана» – его сняли с мели через месяц) отвели на внутренний рейд, а японские эсминцы ушли восвояси. На следующее утро перед городом появилась большая японская эскадра, но русский флот, уже оправившийся от первого удара, вышел в море и с помощью береговых батарей отогнал ее. 

В тот же день 6 японских крейсеров и 8 миноносцев напали в корейском порту Чемульпо на крейсер «Варяг» и канонерскую лодку «Кореец» и после упорного боя потопили их.
Алексеев до самого начала войны был убежден, что японцы станут сносить любые унижения, но на нападение не решатся, и потому к войне почти не готовился. Первый удар противника застал его врасплох. На следующий день после начала войны, 28 января 1904 года, Алексеев был назначен Главнокомандующим всеми морскими и сухопутными силами России на Дальнем Востоке, сохранив за собой и должность Наместника Дальнего Востока. 

Его Главная квартира сначала находилась в Порт-Артуре, но в апреле он перенес ее в Мукден.
Как только на театр военных действий приехал Куропаткин, назначенный командующим сухопутными силами, 7 февраля между ним и Алексеевым сразу же возникли непреодолимые разногласия. Последний настаивал на немедленном наступлении, а Куропаткин – на отступлении для концентрации сил, разбросанных на огромном пространстве. Из-за этого генералы получали противоречивые приказания от того и другого и не знали, что предпринимать. Куропаткина тут же стали называть «современным Барклаем-де-Толли», предоставив, таким образом, Алексееву амплуа Кутузова. Но ни тот, ни другой в глазах России великими полководцами не были.

 Крупным флотоводцем был командующий флотом вице-адмирал Макаров, приехавший в Порт-Артур 24 февраля. Он пользовался огромным авторитетом во флоте, ибо был известен не только как прекрасный моряк, родившийся к тому же в семье солдата, но и как крупный и разносторонний ученый-океанограф, кораблестроитель и полярный исследователь.

 Все это не позволяло Главнокомандующему вести себя по отношению к Макарову так, как он вел себя с Куропаткиным.
Однако недолго было суждено Макарову командовать флотом: 31 марта 1904 года он погиб: броненосец «Петропавловск», на котором находился командующий флотом, подорвался на японской мине. В тот же день получил пробоину еще один броненосец – «Победа», к счастью, не затонувший. Все это надолго сковало порт-артурскую эскадру, занятую ремонтом «Победы», и других кораблей: броненосцев «Цесаревич» и «Ретвизан», крейсеров «Паллада» и «Боярин» и минного тральщика «Енисей» (два последних подорвались на собственных минах).
31 марта Николай II записал в дневнике: «Утром пришло тяжелое и невыразимо грустное известие о том, что при возвращении нашей эскадры к Порт-Артуру броненосец „Петропавловск" наткнулся на мину, взорвался и затонул, причем погибли – адмирал Макаров, большинство офицеров и команды. Кирилл – легко раненный (Кирилл Владимирович, великий князь, двоюродный брат Николая II), Яковлев – командир, несколько офицеров и матросов – все раненные – были спасены. Целый день не мог опомниться от этого ужасного несчастья».