Иван решил подойти к Новгороду неожиданно и потому повелел на пути к нему убивать всех подряд, чтобы ни один человек не смог известить новгородцев о приближении опричного войска.
Первыми жертвами похода на Новгород стали Клин, Вышний Волочек и Торжок. Опричники истребили там всех горожан – не только мужчин, но и женщин, и детей. Точное число их неизвестно, но счет шел на многие тысячи.
Иван решил добиться от бывшего митрополита Филиппа Колычева, сидевшего под Тверью в Отроче монастыре, благословения похода против Новгорода и послал к нему Малюту Скуратова-Вельского – первого палача и садиста. Филипп отказался благословить поход, и Малюта задушил его. Это произо-шло 23 декабря 1569 года.
А 2 января 1570 года передовой опричный полк подошел к Новгороду. Основные силы были еще в пути, когда опричники опечатали казну в монастырях, церквях и богатых домах. Через четыре дня к городу подошел и сам царь, решивший в воскресенье 8 января торжественно вступить в город.
В назначенный час архиепископ Пимен, главный враг Филиппа Колычева, встретил царя на мосту через Волхов. Он шел во главе группы священников, держа в руке «животворящий крест Господень».
Царь должен был поцеловать крест, но он к кресту не подошел, а вместо этого закричал: «Ты не пастырь, а волк и хищник, и губитель, и в руках у тебя не крест, а оружие, и ты, злочестивый, хочешь вместе со своими единомышленниками передать Великий Новгород польскому королю».
«Таковая яростная словеса изглаголав», писал летописец, царь Иван все же пошел вместе с архиепископом и опричниками в собор Святой Софии на богослужение, а потом в трапезную палату архиепископского дворца.
Там царь и опричники наелись и напились, после этого Иван крикнул: «Гойда!» – и по этому сигналу его приспешники кинулись на беззащитных, безоружных новгородцев, тут же перенеся погром на улицы города. Людей обливали горючей смесью, кидали под лед, разрывали на части лошадьми, сажали на кол и рубили руки, ноги и головы.
Погром продолжался с 8 января по 13 февраля с утра до ночи, и убито было около 15 тысяч человек. Архиепископа Пимена Иван оставил в живых, но сорвал с него облачение, переодел в скоморошью одежду и велел влезть на лошадь с гуслями в руках.
Пимена увезли в Москву, а оттуда отправили в Веневский монастырь, где он через год и умер.
Кроме того что город был залит кровью, он был и начисто разграблен. Опричник Генрих Штеден писал, что, когда он входил в Новгород, у него был всего лишь один конь, а из похода он вернулся с сорока девятью лошадьми, из них двадцать две были запряжены в сани, полные всякого добра.
Из Новгорода опричное войско пошло на Псков, но там Иван ограничился казнями нескольких десятков человек и, ограбив монастыри и многих горожан, вернулся в Александровскую слободу.
Что же изменило нрав убийцы? Почему кровожадное чудовище ушло из Пскова, не растерзав его жителей?
Секрет оказался простым: царь испугался Божьей кары, которую пообещал ему местный юродивый.