Распоряжение Александра о создании Комиссии для строения Москвы было выполнено очень быстро. Уже 26 мая Комиссия собралась на первое заседание. Для ее деятельности правительство выдало пятимиллионную беспроцентную ссуду с рассрочкой на пять лет. Комиссия заняла здание так называемых Сверчковых палат в Успенском (ныне Сверчковом) переулке, где с 1775 года помещался Каменный приказ, производивший контроль за осуществлением генерального плана Москвы. В 1782 году его функции стала выполнять Управа благочиния. 

Главным начальником Комиссии был московский главнокомандующий, а директором – князь М. Цицианов. В руководство Комиссии, так называемое присутствие, входили ведущие архитекторы Москвы: О. Бове, В. Балашов, Д. Григорьев, В. Гесте и другие старшие чиновники. Исполнительная деятельность Комиссии осуществлялась через чертежную, состоявшую из двух отделений – землемерного и архитектурного. 

Комиссия подготовила планы застройки отдельных частей Москвы, планы площадей и улиц, набережных и переулков, разрабатывала и утверждала проекты фасадов зданий, строго контролировала ход застройки города. Двадцать московских полицейских частей, представлявших собой территориальные единицы, в каждую из которых входило от двухсот до семисот домов, были подчинены в отношении застройки четырем строительным участкам. Во главе каждого из них стоял архитектор с четырьмя помощниками.

 Чтобы городу была придана некая архитектурная целостность и гармония, Комиссия наладила производство колонн, дверей, оконных рам, лепнины, особо строго следя за оформлением фасадов. Комиссия имела пять кирпичных заводов, ей подчинялось несколько строительных батальонов, солдаты которых участвовали в основном в качестве подсобных рабочих, помогающих квалифицированным строителям-мастерам. 

Комиссия просуществовала до 1843 года, однако при Ростопчине она только-только начала свою деятельность, так как Федор Васильевич пробыл главнокомандующим лишь до 30 августа 1814 года.