Так и жил Петр Толстой, пока первый император не закрыл глаза навсегда. Тогда, в январе 1725 года, вместе с Меншиковым и Феофаном Прокоповичем Толстой возвел на престол вдову Петра Екатерину I. Но в ее краткое царствование не было покоя старику.

 Екатерина часто болела, и Толстой больше всего боялся, что после ее смерти императором станет сын убиенного им царевича Алексея великий князь Петр Алексеевич, десятилетний мальчик — надежда всех, кто был недоволен петровскими преобразованиями.

 А уж новый император Петр II разберется с палачом своего отца! И тут пути птенцов Петра роковым образом разошлись: Меншикову, который решил выдать свою дочь Марию за будущего юного императора Петра II, приход к власти сына царевича был как раз выгоден — он, на правах тестя и наставника, мог удерживать власть в своих руках. 

Толстой, вместе с зятем Меншикова Антоном Девьером, тоже недовольным грядущими переменами, пытался воспрепятствовать этому браку и хотел образумить императрицу Екатерину, попавшую под влияние Меншикова. 

Однако фаворит был настороже и знал, с кем имеет дело. И как только Толстой попытался помешать его планам, светлейший достал-таки из-за пазухи свой камень — и тут карьера непотопляемого семидесятилетнего Толстого закончились.

 По обвинению в государственной измене он был арестован, следствие было предвзятое, поспешное, а суд, естественно, Шемякин — тот самый, которым Толстой в своей Тайной канцелярии судил десятки людей, попавших к нему в лапы.