Узнав о бегстве сына, Петр был вне себя от ярости. На розыски царевича он послал П. А. Толстого, дав ему строжайший приказ: во что бы то ни стало доставить Алексея в Россию.

Толстой вместе с А. И. Румянцевым долго прочесывал владения австрийского императора, пока наконец не обнаружил беглеца в Италии, под Неаполем. Настигнув царевича, Толстой ловко воспользовался угрызениями совести, которые терзали беглеца.

Умело разжигая в Алексее чувство вины, обещая ему — от имени царя — безусловное прощение в случае явки с повинной, Толстой сумел выманить его в Россию.Вот уж кто оказался предателем, так это любовница царевича Ефросинья, простая крепостная девушка, которую Алексей полюбил и увез с собой за границу.

Она помогла Толстому сломить волю царевича, усыпить его страх и заманить в западню. В материалах Тайной канцелярии сохранилась краткая запись, сделанная уже потом, несколько лет спустя после гибели царевича: Ефросинья получила на свадьбу с неизвестным нам человеком две тысячи рублей из денег покойного царевича.

По тем временам это была огромная сумма денег, и это, без сомнения, были иудины сребреники.Вернувшегося домой царевича ждало не прощение царя, а его гнев. Алексея подвергли допросам, очным ставкам, пыткам, причем сам отец сидел за столом следователя в пыточной палате. Он наблюдал, как его родного сына заплечные мастера подвешивают на дыбу, бьют кнутом, рвут у него ногти. Летом 1718 года состоялся назначенный государем суд.

 Все сподвижники Петра, составившие судилище, один за другим, вынесли приговор: «Виновен, достоин смертной казни».

 А потом наступил момент, когда нужно было привести приговор в исполнение. И опять позвали Толстого и Румянцева.Нам неизвестно, о чем думала и что говорила мужу в этот страшный час Екатерина. Конечно, она, его «друг сердешненькой», была рядом, чтобы облегчить тяжкий удел царю, приносившему ужасную жертву на алтарь отечества — своего сына, врага внутреннего.

Но не забудем, что в этот поздний час неподалеку от комнаты, где собрались палачи, мирно спал Шишечка.

Так сложились обстоятельства, так требовал сюжет этой драмы, что кровь Алексея была нужна ей, матери «Санкт-Петербургского хозяина».

 Кроме того, царица в тот момент была на сносях, и супруги, вероятно, думали, что вскоре родится еще один сын. Но тогда, в августе 1718 года, родилась дочь Наталья.