По-видимому, как и его брат Яков, он был образованным человеком. Петр собирался послать его за границу для ответственнейших переговоров, но потом нашлись для Брюса дела поважнее — царь сделал его обер-комендантом вновь основанной крепости в устье Невы. 

Тогда это был ключевой пост. 

От успешной защиты крепости на Заячьем острове зависела судьба всего новорожденного Петербурга и юного Балтийского флота.Брюс оказался неутомимым и дельным начальником. Он достраивал и укреплял Петропавловскую крепость, возводил кронверк. 

Тяжелее всего ему пришлось в 1705–1708 годах, когда шведы участили свои нападения на Петербург, полагая, что Петр, увязший в Польше, не сможет помочь гарнизону крепости. Но Брюс в тесном взаимодействии с командующим флотом адмиралом Корнелием Крюйсом сумел так хорошо организовать оборону, что шведам ни разу не удалось прорваться ни к Петропавловской крепости, ни к Кронштадту.

 В том, что пушкам крепости не пришлось стрелять по врагу, несомненная заслуга Брюса, который отбивал натиск шведов на дальних подступах к Петербургу: на Каменном острове, на Выборгской дороге, выше по Неве. 

Во многом благодаря Брюсу, располагавшему меньшими, чем у шведов, силами, Петербург остался для них неприступен. До самой своей смерти в 1720 году генерал-лейтенант Роман Брюс не покидал своего высокого поста и был готов отразить любой натиск противника.