Феодосий был одним из тех, кто стоял у истоков так называемого «синодального» периода истории Русской православной церкви, когда во главе ее в течение двух столетий стоял не патриарх, а Священный синод — коллегиальный орган управления церковными делами, образованный Петром в 1720 году.

С той поры Русская православная церковь превратилась в идеологическую контору самодержавия, духовную «обслугу» светской власти.

 В церковной иерархии Феодосий вытеснил с первого места патриаршего местоблюстителя Стефана Яворского (тоже выходца с Украины) и стал в Синоде первым.Согласно легенде, кто-то из церковников попросил императора восстановить патриаршество.

Но Петр, не терпевший никакой конкуренции своей власти, в ярости выхватил кортик, воткнул его в стол и сказал: «Вот вам патриарх, ему и подчиняйтесь!» Феодосий-то как раз и был одним из послушных слуг царского кортика.

Он беспрекословно исполнял волю Петра, внося немыслимые для православных перемены в обряды русской церкви.

 Он превратил священника в доносчика, обязанного ради интересов государственной безопасности нарушить одно из священных таинств веры — таинство исповеди, если духовный сын, каясь в грехах, признавался в оскорблении чести государя или «злом намерении» против его власти.

После этого миллионы русских людей, шедших в церковь на обязательную для верующих исповедь, были поставлены перед страшной альтернативой: солгать своему духовному отцу (и соответственно Богу) и спасти свою жизнь или сказать правду и подвергнуться по доносу священника аресту, пытке, казни.

В таком же ужасном положении оказывался и священник, который боялся нарушить закон, предписывающий ему доносить на своих прихожан.Феодосий был настоящим инквизитором. Неумолимо и жестоко он преследовал всех противников официальной церкви, в особенности старообрядцев, на которых охотились, как на диких зверей.

Благодаря Феодосию и подобным ему иерархам церкви старообрядцы — «раскольники» были поставлены вне человеческого и гражданского общества.

 Они платили двойные налоги, им запрещали торговать, свидетельствовать в суде, занимать мирские должности, издавать и хранить книги, читать и писать.

 Мужчины-старообрядцы были обязаны носить пришитый на спину верхней одежды «козырь» — красный ромб, а женщины — особые шапки с рогами.

 Церковь использовала всю мощь репрессивной машины государства, чтобы расправиться с религиозным инакомыслием.Феодосий считался близким приятелем начальника Тайной канцелярии Петра Толстого и его заместителя генерала Андрея Ушакова.

 Они втроем и бражничали, и присутствовали при пытках в застенках Петропавловской крепости. Впрочем, Феодосий имел свою тюрьму в Александро-Невском монастыре. Здесь он часто решал судьбу несчастных, пытанных в застенке людей.

Политический сыск доверял Феодосию вынесение приговора по делу раскаявшегося на пытке раскольника. Феодосий должен был убедиться, искренним ли было это раскаяние или преступник лишь притворился и остался, как тогда говорили, «заледенелым раскольником».

Свой приговор Феодосий отсылал для исполнения в Тайную канцелярию.