Как раз в то время кардиналы избрали папой самого младшего из своей среды под именем Иннокентия III. В ряду многих незаурядных средневековых пап Иннокентий III (1198–1216) выделяется своей властностью и замечательными политическими успехами. «Ниже Бога, но превыше людей», – так он определял величие своего статуса, а об отношении папства и государства писал: «Как луна получает свой свет от солнца… так и королевская власть заимствует свой блеск от авторитета пап». 

С непревзойденным искусством Иннокентий использовал каждую политическую возможность, чтобы воплотить свое представление о папской власти. 

Сицилия, Арагон и Португалия признали его своим феодальным сюзереном так же, как на некоторое время и король Польши, и даже Иоанн Безземельный. Иннокентий вынудил французского короля Филиппа-Августа вернуть свою супругу, которую тот отверг и осудил во время спора с Иоанном по поводу Нормандии. 

Но еще боже действенным было постоянное вмешательство папы в гражданские войны в Германии, где трон оспаривали кандидаты Гогенштауфенов и Вельфов (последний был сыном Генриха Льва). 

В результате Четвертого крестового похода даже Константинополь выразил готовность повиноваться папе. Когда Иннокентий торжественно открыл IV Латеранский собор (1215), в глазах всего христианского мира папство находилось на недосягаемой высоте.