В XIII веке павликиане поднялись снова – и снова были повержены, но их враг Иннокентий III был вынужден задуматься над их словами. Легенда рассказывает, что всемогущему римскому папе приснился сон: он увидел босого монаха в рубище, по виду истинного еретика – но этот еретик подпирал плечом покосившийся собор Святого Петра.

 Монаха звали Франциском из Ассизи, и ему было суждено вернуть истинную чистоту христовой вере. Франциск был сыном зажиточного купца и в молодости занимался торговлей; он был большой весельчак и любитель шумных пирушек. Однажды, возвращаясь после пира, друзья заметили, что Франциск необычно тих и задумчив – они стали подтрунивать над ним, спрашивая, не нашёл ли он невесту. "Нашёл, – ответил Франциск, – да такую красивую, благородную и богатую, что вы никогда не видели". Друзья переглянулись, не понимая, но Франциск говорил не о девушке из знатной семьи – он имел в виду христианскую веру. 

С этого момента Франциск оставил прежние развлечения и стал жить, как учил Христос; он раздавал бедным всё, что имел, и ходил в одежде нищего. Он растратил на подаяние отцовские деньги, был жестоко избит отцом и ушёл из дому; он поселился в шалаше около часовни и просил милостыню на ее ремонт. Потом он стал проповедовать – рассказывать горожанам о том, что Христос завещал жить в простоте, смирении и бедности: "Святая бедность прогоняет всякую алчность, скупость и заботы мира сего, – говорил Франциск. – Ведь учил Христос: "Не берите с собой ни золота, ни серебра, ни сумы на дорогу, ни двух одежд, ни обуви, ни посоха. Не собирайте себе сокровищ на земле, но собирайте себе сокровища на небе". 

Люди прислушивались к его проникновенным словам, и вскоре у Франциска появились ученики; он организовал общину, в которой всё было общим и кусок хлеба делился на всех. Всё это очень походило на порядки еретиков, последователей Петра Вальда, на идеи павликиан и на обычаи первых христианских общин. Папа не хотел признавать общину францисканцев – и лишь пророческий сон убедил его, что Франциск несёт Слово Божие. 

Получилось так, что в то самое время, когда еретики в Лангедоке умирали на кострах, их итальянские братья были допущены в лоно церкви и придали ей новую силу. Основанный Франциском монашеский орден объявил своей целью служение бедным: монахи кормили бедняков, строили для них больницы и странноприимные дома. Они называли себя "миноритами", "меньшими братьями" и жили, как первые христиане, работали и просили милостыню – но не для себя, а для всех сирых, убогих, нищих. Тысячи людей раздавали своё добро беднякам и шли за Франциском – уже в 1226 году у ордена было 8 тысяч монастырей и 200 тысяч монахов. 

Воодушевление верующих было столь велико, что в орден – оставаясь мирянами – вступали графы, герцоги и короли; они жертвовали ордену часть своих богатств в надежде, что монахи заступятся за них перед богом. Церковь снова вернулась к социалистическим идеалам Христа и обратилась лицом к народу; монастыри приняли на себя задачу социального обеспечения, и всякий бедняк мог быть уверен, что он не забыт богом, что братья-монахи дадут ему приют и миску похлёбки. В конечном счёте, это был результат повышения демографического давления, результат отчаянной борьбы лангедокских катаров – но святой Франциск не разбирался в законах истории.

 Он до конца своих дней ездил на ослике по дорогам Италии, призывал людей к милосердию и восхищался всяким творением Господа: птицами, деревьями, цветами. Говорят, что он проповедовал перед птицами, и птицы что-то пели ему в ответ, а потом он удалялся в горы и предавался там созерцанию и мистическому восторгу: ему чудилось, что его душа сливается с Богом.

На 44 году своей жизни он совсем ослабел от бесконечного поста и умерщвления плоти; он почувствовал, что конец близок, и велел ученикам перенести себя в родной город. В 1226 году он тихо скончался на ступенях часовни в Ассизи – и ничего не взял с собой на дорогу.